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zu deiner Frage:
Windows hat mit MBR das Problem nur von max 2TB großen Platten booten zu können. Es geht also nur um die Boot-Platte, die darf nicht größer als 2TB sein. Hast Du eine 4 TB Platte, kannst Du die restlichen 2 TB nicht nutzen. Alle anderen Platten konvertierst Du auf GPT und kannst sie voll nutzen.
Meine letzte Installation (Filer L v4) sah vor ca. 1 Monat wie folgt für Win Server Standard 2012 (kein RAID!) aus:
Disk0: 2TB, Rest frei (nicht nutzbar!)
Disk1: 4TB, frei
Disk2: 4TB, frei
Disk3: 4TB, frei
Disk4: USB Stick, frei
Disk 1,2,3 kannst Du also voll nutzen, Disk 1 darfst Du nicht resizen oder ähnliches, dann bootet der Server nicht mehr. Ist irgend so ein hard gecodedes Ding von MS bei MBR.