Ich hatte mit Ubuntu 12.04 64-Bit das gleiche Problem. Hier ein paar Details:
privvmpages sind nur angeforderte Speicherseiten, nicht tatsächlich verwendete. Deswegen der Unterschied zwischen der Ausgabe von "free -m" und /proc/user_beancounters
MySQL verwendet bei mir direkt nach der Installation ohne Datenbank schon 80000 privvmpages, also rund ein Viertel der zu Verfügung stehenden.
apache-mpm-worker verwendet deutlich mehr privvmpages als apache-mpm-prefork. Bei mir hat daher geholfen, dass mpm-Modul von worker auf prefork umzustellen. Wenn aptitude grade nicht will ("FATAL -> Failed to fork."), dann apt-get verwenden, der ist ressourcenschonender. Alternativ apache oder mysql vorher stoppen.
@EUserv: Ist geplant von Ubuntu 12.04 auch ein 32-Bit Image zur Verfügung zu stellen?
Denn gerade Apache braucht in der 32-Bit-Version deutlich weniger RAM als in der 64-Bit-Version: 32-Bit: 6MB, 64-Bit: 36MB Speicher. Bei MySQL das gleiche: 32-Bit: 1.9MB, 64-Bit: 42MB. (Werte sind RES-Spalte aus top)
Deswegen wäre ein 32-Bit Ubuntu 12.04 sehr angenehm! Zwingend wird die 64-Bit-Version ja erst ab mehr als 4GB Speicher (und das hat nur der größte vServer von euch).