Doch, das geht (falls du einfach eine Synchronisation via des Tools rsync meinst). Aber nach meinen Tests nur unter Debian 8 (ich gehe aufgrund deines Namens davon aus, dass du Debian verwendest). Ich habe damit zwei FTP-Server synchronisiert, die ich vorher mittels curlftpfs gemountet habe (wegen curlftpfs braucht man wohl Debian 8). Der Sync ging dann via:
rsync -vr --delete --size-only --temp-dir=/var/tmp/rsync /mnt/backup-ftp-alt/* /mnt/backup-ftp-neu/
Das Verzeichnis /var/tmp/rsync musste ich anlegen und angeben, damit es klappt.